NadPrep®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）
#1003611 #1003621 #1003622 #1003641
#1003711 #1003721 #1003722 #1003725 #1003726
#1003751 #1003752 #1003753 #1003754
#1003761 #1003762 #1003753 #1003754
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产品特色
- 适用于血液、新鲜组织 gDNA / FFPE DNA / cell-free DNA 样本
- 样本起始量低，文库转化率高
- 包含 DNA 纯化磁珠，并适配优化的片段筛选方案
- 单端接头（Single Index, SI）和双端唯一接头（MGI Unique Dual Index, MDI）可选
建库应用
应用方向
样本类型
推荐起始量（片段化后）
全基因组测序
动植物 DNA（无严重降解）
50-500 ng
细胞外游离 DNA（无大片段污染）
≥ 1 ng（取决于分析要求）
微生物基因组 DNA
1-500 ng
靶向捕获测序
gDNA（无严重降解）
≥ 50 ng（取决于样本质量）
FFPE DNA（片段长度 ＞ 500 bp）
≥ 100 ng（取决于样本质量）
细胞外游离 DNA（无大片段污染）
≥ 1 ng（取决于分析要求）
建库流程
产品表现
文库产出稳定高效
图 1. NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）对不同 gDNA 起始量的文库产出。A. 分别搭配 NadPrep® Universal Adapter (SI) Module 和 NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module gDNA 文库的产出稳定；B-C. 搭配 SI 和 MDI 接头模块时的 gDNA 文库片段分布示例（Agilent 2100 Bioanalyzer）。
文库覆盖均一
图2. NadPrep®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）全基因组文库的 GC 偏好。A. 金黄色葡萄球菌（GC% = 33)，B. 肠沙门氏菌（GC% = 52）及 C. 绿脓杆菌（GC% = 67）等不同 GC 含量的基因组，以 10 ng DNA 为起始量所制备文库。横坐标为 100 bp 区域的 GC 含量，柱状图显示 GC 含量的分布，曲线代表不同 GC 含量 100 bp 区域均一化后的平均覆盖深度。
图3. NadPrep®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）宏基因组样本建库表现。微生物群组 DNA 标准品 (Zymo Research, D6306）以 10 ng 起始量按标准流程建库，NadPrep®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）显示出了较小的偏好性。
高文库一致性
图 4. NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）搭配不同 panel 捕获示例。Input 为总 RNA 经 NadPrep® Total RNA-To-DNA Module（for MGI）转换的 DNA 建库，搭配纳昂达其它捕获试剂时的一致性分析。构建文库经不同大小 panel 单次捕获和二次捕获的整体表现未见明显差异。A. ~ 150 kb CDS Region Panel 捕获测序结果；B. ~ 1.6 Mb CDS Region Panel 捕获测序结果。
通用建库模块
| 包装编号 | 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1002211(24 rxn) |
包装体积 1002212 (96 rxn) |
| Box1 |
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EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 µL | 690 µL |
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End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 µL | 460µL | |
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Ligation Buffer | 750 µL | 2×1500 µL | |
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DNA Ligase | 60 µL | 230 µL | |
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|
2X HiFi PCR Master Mix | 720 µL | 2×1600 µL | |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) | 20 µL | 75 µL | |
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|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 20 µL | 75 µL | |
|
/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
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|
TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
单端接头模块
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003611 (24 rxn) |
包装体积 1003621 (96 rxn) |
包装体积 1003622(96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 12×15 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Adapter (SI) | 60 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003641 (96 rxn) |
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|
NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 96×8 µL (Plate) |
|
|
NadPrep M-Adapter (SI) | 260 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) | 75 µL (Tube) |
双端唯一接头模块
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003711 (24 rxn) |
包装体积 1003721 (96 rxn) |
包装体积 1003722 (96 rxn) |
包装体积 1003725 (96 rxn) |
包装体积 1003726 (96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Adapter (DI) | 60 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003751 (96 rxn) |
包装体积 1003752 (96 rxn) |
包装体积 1003753 (96 rxn) |
包装体积 1003754 (96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) |
|
|
NadPrep M-Adapter (DI) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003761 (1152 rxn) |
包装体积 1003762 (1152 rxn) |
包装体积 1003763 (1152 rxn) |
包装体积 1003764 (1152 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 96×72 µL (Tube) | 96×72 µL (Tube) | 96×72 µL (Tube) | 96×72 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Adapter (DI) | 2×1350 µL (Tube) | 2×1350 µL (Tube) | 2×1350 µL (Tube) | 2×1350 µL (Tube) |
|
|
NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 900 µL (Tube) | 900 µL (Tube) | 900 µL (Tube) | 900 µL (Tube) |
NadPrep®DNA 通用型文库构建试剂盒兼容多种类型样本的文库构建，包括全血 gDNA、FFPE、血浆 cfDNA 等。对于复杂样本的处理（如FFPE组织样本），推荐从源质控。样本应选取合适的提取试剂盒，并进行相应的定量及片段质检，建议如下：
|
类别 |
要求 |
|
|---|---|---|
|
提取试剂盒推荐 |
常规gDNA |
血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒（天根；货号：DP304） |
|
cfDNA |
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；货号：55114） |
|
|
FFPE组织gDNA |
QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen；货号：56404） |
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|
溶剂 |
推荐使用无核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取试剂盒配备的Buffer溶解DNA样品。酶切片段化试剂多对EDTA浓度敏感，应避免使用含EDTA的溶剂溶解。如有必要可进行1.8-2.0 ×磁珠纯化去除。 |
|
|
定量 |
基于分光光度计原理的NanoDrop和基于双链DNA荧光染料的Qubit®、PicoGreen®进行定量。 |
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|
纯度 |
OD260/OD280=1.8-2.0；OD260/OD230=2.0-2.5。OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白质、酚等污染；OD260/OD230<2.0，则表明有碳水化合物、盐类或者有机溶剂污染。 |
|
|
片段分布 |
常规gDNA |
1%的琼脂糖凝胶电泳时，>15 kb的清晰主带。 |
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cfDNA |
Bioanalyzer或Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。 |
|
|
FFPE组织gDNA |
1%的琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪，如Agilent 2100进行样本完整性评估。 |
|
接头比例过高会导致接头或接头二聚体残留；接头比例若不足则会影响连接效率进而降低文库产量。接头使用还应注意保存方式、稀释方法和稀释浓度：
• 保存：避免反复冻融，如欲多次使用，应提前分装；
• 稀释液：推荐使用试剂盒内TE Solution进行接头的稀释，但稀释液不建议长期保存；
• 稀释用量：根据样本起始投入量、片段大小，计算合适的接头与DNA片段摩尔比，可达最佳产量。
• 不同的接头类型应用推荐如下表：
|
应用 |
推荐NadPrep接头 |
可选NadPrep接头 |
|---|---|---|
|
全基因组、宏基因组、液相杂交靶向捕获测序 |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
|
RNA测序 |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
|
低频突变检测（~1%或以下突变频率） |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
- |
适用于片段化后DNA分布范围较宽且期望得到稳定的数据产出的情况。但获得狭窄峰型也会降低文库丰度，故操作少量样本时应注意损耗。双筛分为片段化后双筛、连接后双筛两种。在双筛的过程中短片段损失更多但分布更集中，而长片段与之相反。由于连接后双筛时已引入了接头，因此相对片段化后双筛损失更少，但峰型相对较宽。此时还应注意：
• 任意形式的双筛都会带来 DNA 的损耗，因此扩增循环数需要至少增加 1 个循环；
• 任意形式的双筛都会带来原始文库丰度的损耗，可能会导致测序数据中的重复率的增加；
• 打断片段的平均大小应接近预期片段大小，以减少样本损失。
推荐以下操作以提高回收效率：适当增加孵育时间；适当提高磁珠纯化倍数（如纯化样本步骤，非片筛）；使用新鲜配制的 80% 乙醇。
针对不同建库方式及后续应用，推荐的定量方法如下:
• 常规文库：使用 Qubit 进行定量；
• 应用于多样本混杂的靶向捕获测序文库：为提高数据均一性，可使用qPCR绝对定量的方法进行浓度测定，如：VAHTSTM Library Quantification Kit for MGI，Vazyme，货号：NQM101-NQ106。
文库长度分布可通过凝胶电泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系统进行检测，但应注意不同分析仪器的文库片段读数可能会存在一定的偏差。常见的异常文库片段分布原因如下：
|
异常峰型 |
产生原因 |
解决办法 |
|---|---|---|
|
有多个短片段（~50 bp）小峰 |
接头冗余 |
合适的Input DNA量和接头使用量；注意加样及连接条件 |
|
有双峰（额外单个短片段峰） |
过度扩增 |
降低Input DNA量，降低扩增循环数 |
|
额外有长片段峰 |
磁珠残留 |
纯化步骤时小心操作，以去除全部磁珠 |
除适配纳昂达科技自有靶向捕获体系外，文库也适配市面上多种靶向捕获体系，如 Twsit（Twist Custom Panel）、IDT（IDT xGen™ Lockdown™ Probes）、Agilent （Agilent SureSelect）、Roche（ Roche® NimbleGen™ SeqCap™ EZ）、艾吉泰康（TargetSeq®液相探针捕获技术）等。
本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。
类别
产品
详情
货号
建库模块
NadPrep®️ DNA
Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn
24 rxn
1002211
NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn
96 rxn
1002212
单端接头模块
NadPrep®️ Universal
Adapter (SI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn
SI 1-12
1003611
NadPrep®️ Universal Adapter (SI) Module Set E1 (for MGI), 96 rxn
SI 1-96
1003641
NadPrep®️ Universal Adapter (SI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn
SI 1-24
1003621
NadPrep®️ Universal Adapter (SI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn
SI 25-48
1003622
双端唯一接头模块
NadPrep®️ Universal
Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn
MDI 1-12
1003711
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn
MDI 1-24
1003721
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn
MDI 25-48
1003722
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn
MDI 49-72
1003725
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn
MDI 73-96
1003726
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E1 (for MGI), 96 rxn
MDI 1-96
1003751
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E2 (for MGI), 96 rxn
MDI 97-192
1003752
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E3 (for MGI), 96 rxn
MDI 193-288
1003753
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set E4 (for MGI), 96 rxn
MDI 289-384
1003754
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F1 (for MGI), 1152 rxn
MDI 1-96
1003761
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F2 (for MGI), 1152 rxn
MDI
97-192
1003762
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F3 (for MGI), 1152 rxn
MDI 193-288
1003763
NadPrep®️ Universal Adapter (MDI) Module Set F4 (for MGI), 1152 rxn
MDI 289-384
1003764
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