公司新闻

转座酶文库的靶向捕获解决方案来啦!

浏览量:3026 / 发布时间:2022-06-01

01

//  背景

利用转座酶可⼀步实现 DNA 片段化和接头连接,因操作简单、所需 DNA 量少、耗时短等特点,特别适用于长⽚段读取[1]、单细胞微量建库 ATAC-seq[2]、mate pair 建库等应用场景。这种转座酶建库方式也更适用于应急工作的建库,从而丰富高通量测序在临床应用辅助诊断中的多元化场景。转座酶建库结合靶向捕获测序可显著降低外显子或基因组靶区域的各种类型突变分析所需的测序量。靶向捕获反应的中靶率、均一性与检测性能的灵敏度、特异性密切相关。

在纳昂达推出的转座酶文库靶向捕获方案中,通用封阻序列 NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®, NXT)可用于封闭文库接头序列,避免探针与接头、接头与接头之间的非特异性结合,有助于提升捕获目标区域的占比,从而提升有效数据量,节约测序成本。

图1

图 1. 纳昂达转座酶文库的靶向捕获解决方案。

02

//  适用范围

适合转座酶建库原理的 Nextera® Library Kits (Illumina) 或其他同类型建库试剂盒所产生的文库,如:全式金 TransNGS® Tn5 DNA Library Prep Kit for Illumina® 和翌圣 Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® 等。

图2

图 2. Illumina Truseq 和 Nextera 的比较。

A. Truseq 文库构建流程 (图片来源于 Illumina 官网);B. Nextera 文库构建流程 (图片来源于 Illumina 官网);C. Truseq 和 Nextera 文库构建的特点比较。

03

//  方案特色

● 通用性佳:适用于各种含单端或双端 6-10 nt 标签的接头文库

● 封闭高效:显著提升捕获数据的有效性

● 性能稳定:不同批次/不同大小 Panel 捕获表现优异且稳定

● 使用方便:兼容纳昂达液相杂交捕获体系

04

//  方案表现

人类男性基因组 DNA (Promega-male, Cat# G1471) 利用 TransNGS® Tn5 DNA Library Prep Kit for Illumina® 构建文库,单杂 (500 ng) 或 12 杂 (6000 ng) 分别以 NanOnco Plus Panel v2.0 (2.6 M)、LungCancer Panel v1.0 (0.23 M)、SNP Panel (0.04 M) 搭配 NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®, NXT)、NadPrep® Hybrid Capture Reagents 和捕获扩增引物 NadPrep® Amplification Primer Mix II 组成完整的杂交捕获方案。不同大小 Panel 捕获数据的比对率均大于 99.4%,中靶率均大于 90.1%。与无封阻序列相比,NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®, NXT) 的添加使得中靶率至少提升 1 倍,12 杂混合方案的优势更大。此外,在靶区域覆盖度及均一性,GC偏好性表现均优异且稳定 (图 3)。

向下滑动查看


图3-1图3-2图3-4图3-5

图 3.  转座酶文库的靶向捕获表现

A. 比对率;B. 中靶率;C. > 0.2x 平均覆盖深度的靶区域覆盖比例;D. >0.5x 平均覆盖深度的靶区域覆盖比例;E. Fold 80 值F. 重复率G. 不同 GC 含量区域覆盖无偏好性 (LungCancer Panel v1.0);H. 不同 GC 含量区域覆盖无偏好性 (NanOnco Plus Panel v2.0)。测序模式为 Illumina Novaseq 6000,PE150,取 1~2 M read pairs 进行数据分析。

05

//  总结

NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®, NXT) 可以有效确保杂交捕获的有效性,提升有效数据量,且不产生其他偏倚。为保证数据质量,我们建议选择合适的转座酶建库试剂盒 (转座酶建库试剂盒对 GC 偏好有一定的影响) 搭配纳昂达系列杂交捕获产品。整个捕获方案中的所有试剂均经过质量控制及功能验证以确保可靠性。

06

//  产品信息

类别

产品名称

货号

封阻序列

NadPrep® NanoBlockes (for Illumina®, NXT), 96 rxn

1006112

杂交试剂

NadPrep® Hybrid Capture Reagents, 96 rxn

1005101

Panel

NanOnco Plus Panel v2.0, 96 rxn

1001111E

LungCancer Panel v1.0, 96 rxn

1001921


关于纳昂达科技

Nanodigmbio


纳昂达科技秉承“ Nano Trans More ”的核心理念和“靶向精准,用心服务诊断”的奋斗宗旨,致力于为科研院校、医疗机构、临检单位、产业公司、测序服务商等提供专业化和高质量的靶向测序产品与闭环解决方案。

纳昂达科技已通过高新技术企业、江苏省科技型中小企业和南京市精准高通量测序工程技术研究中心认定,并拥有 >  2,000 平米的高通量测序研发中心和 > 4,000 平米的 GMP 级别 (YY/T 0287-2017 idt ISO 13485:2016) 体外诊断试剂生产基地,建立了从市场调研、产品设计、生产制造到售后服务完整的质量管理体系。

纳昂达专注于精准靶向试剂和配套自动化仪器的开发、生产、销售和服务,目前拥有 MGI 和 Illumina 双测序平台多款NadPrep® 文库构建试剂盒和全套液相杂交相关产品。明星产品包括 NGS 全流程自动化工作站、肿瘤全外显子 Panel、泛实体瘤和血液肿瘤 Panel 以及呼吸道病毒 Panel 等,并提供全面完善的双平台捕获探针定制化服务。纳昂达科技的靶向捕获产品拥有与国际同行业媲美的高质量水准,获得了客户一致的信赖。

纳昂达的销售网络覆盖全国并已外延至海外地区。纳昂达将与客户共成长,对客户的需求全力以赴,为全球用户提供靶向测序解决方案和 IVD 试剂原料。

Nanodigmbio

纳昂达二维码

Nanodigmbio

微信公众号

nanodigmbiotech

参考文献

[1] Wang O, Chin R, Cheng X, et al. Efficient and unique cobarcoding of second-generation sequencing reads from long DNA molecules enabling cost-effective and accurate sequencing, haplotyping, and de novo assembly[J]. Genome research, 2019, 29(5): 798-808.

[2] Ludwig L S, Lareau C A, Bao E L, et al. Transcriptional states and chromatin accessibility underlying human erythropoiesis[J]. Cell reports, 2019, 27(11): 3228-3240. e7.