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解决方案

NadPrep^®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for Illumina^®️）

货号：

#1002101 #1002103
#1003211 #1003212
#1003213 #1003221 #1003224
#1003240 #1003241 #1003242
#1003251 #1003252 #1003253 #1003254
#1003261 #1003262 #1003263 #1003264

NadPrep^®️ DNA 通用型文库构建试剂盒（for Illumina^®）是基于 A-T 连接原理，针对 Illumina^®️高通量测序平台开发的双链 DNA 文库构建试剂盒。该试剂盒操作流程简单，适用于全基因组测序，同时兼容液相杂交靶向捕获测序。

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产品特色

适用于血液、新鲜组织 gDNA / FFPE DNA / cfDNA 样本
样本起始量低，文库转化率高
搭配双端唯一样本标签（Unique Dual Indexes, UDI）接头，改善 Illumina^®️测序平台的样本标签错配问题
包含 DNA 纯化磁珠，并适配优化的片段筛选方案
可搭配双端分子标签接头，助力低频突变分析

建库应用

应用方向	样本类型*	推荐起始量（片段化后）
全基因组测序	动植物 DNA（无严重降解）	50-500 ng
	细胞外游离 DNA（无大片段污染）	≥ 1 ng（取决于分析要求）
	微生物基因组 DNA	1-500 ng
靶向捕获测序	gDNA（无严重降解）	≥ 50 ng（取决于样本质量**）
	FFPE DNA（片段长度 > 500 bp）	≥ 100 ng（取决于样本质量**）
	细胞外游离 DNA（无大片段污染）	≥ 1 ng（取决于分析要求）

*该试剂盒适用于片段化后的 gDNA/FFPE DNA 或无需片段化的 cfDNA。

**对于 gDNA 与 FFPE DNA，推荐起始量为 DNA 片段化后的定量结果。

建库流程

wangyeduan_jiankuliucheng

产品表现

文库产出稳定高效

图1. 搭配不同类型接头的文库产出和片段分布。A. NadPrep® DNA Library Prepration Kit (for Illumina®) 分别搭配 NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 和 NadPrep® UDI Adapter Module (for Illumina®) 的文库产出；B. 搭配 NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 的片段分布示例；C. 搭配 NadPrep® UDI Adapter Module (for Illumina®) 的片段分布示例 (Agilent 2100 Bioanalyzer)。
注：样本为人类女性基因组 DNA (Promega-Female, G1521)。

文库覆盖均一

图2. NadPrep^®️ for Illumina^®️全基因组文库的 GC 偏好。A. 金黄色葡萄球菌（GC% = 33），B. 肠沙门氏菌（GC% = 52）及 C. 绿脓杆菌（GC% = 67）等不同 GC 含量的基因组，以 10 ng DNA 为起始量所制备文库。横坐标为 100 bp 区域的 GC 含量，柱状图显示 GC 含量分布，曲线代表不同 GC 含量 100 bp 区域均一化后的平均覆盖深度。

检测准确度高

图3. NadPrep^®️ for Illumina^®️对标准品突变频率的检测准确度。以经福尔马林处理（轻度）的多重位点混合型定量标准品（Horizon Discovery, HD798）测试，变异频率来自 Vardict 分析结果。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

通用建库模块

包装编号	管盖颜色	组分名称	包装体积 1002101 (24 rxn)	包装体积 1002103 (96 rxn)
Box1		EndRepair & A-Tailing Buffer	180 µL	690 µL
		End Repair & A-Tailing Enzyme	120 µL	460 µL
		Ligation Buffer	750 µL	2×1500 µL
		DNA Ligase	65 µL	250 µL
		2X HiFi PCR Master Mix	720 µL	2×1600 µL
		NadPrep Amplification Primer Mix II	145 µL	650 µL
	/	Nuclease Free Water	2.5 mL	8 mL
		TE Solution	1 mL	4 mL
Box2	/	NadPrep SP Beads	4 mL	15 mL

通用截短型双端唯一接头模块

管盖颜色	组分名称	包装体积 1003240 (24 rxn)	包装体积 1003241 (96 rxn)	包装体积 1003242 (96 rxn)
	NadPrep Universal UDI-index Primer Mix #	12×15 µL (Tube)	24×25 µL (Tube)	24×25 µL (Tube)
	NadPrep Universal Stubby Adapter	60 µL (Tube)	230 µL (Tube)	230 µL (Tube)
	NadPrep Amplification Primer Mix II	20 µL (Tube)	75 µL (Tube)	75 µL (Tube)

管盖颜色	组分名称	包装体积 1003251 (96 rxn)	包装体积 1003252 (96 rxn)	包装体积 1003253 (96 rxn)	包装体积 1003254 (96 rxn)
管盖颜色	组分名称	包装体积 1003251 (96 rxn)	包装体积 1003252 (96 rxn)	包装体积 1003253 (96 rxn)	包装体积 1003254 (96 rxn)
	NadPrep Universal UDI-index Primer Mix #	96×8 µL (Plate)	96×8 µL (Plate)	96×8 µL (Plate)	96×8 µL (Plate)
	NadPrep Universal Stubby Adapter	260 µL (Tube)	260 µL (Tube)	260 µL (Tube)	260 µL (Tube)
	NadPrep Amplification Primer Mix II	75 µL (Tube)	75 µL (Tube)	75 µL (Tube)	75 µL (Tube)

管盖颜色	组分名称	包装体积 1003261 (1152 rxn)	包装体积 1003262 (1152 rxn)	包装体积 1003263 (1152 rxn)	包装体积 1003264 (1152 rxn)
管盖颜色	组分名称	包装体积 1003261 (1152 rxn)	包装体积 1003262 (1152 rxn)	包装体积 1003263 (1152 rxn)	包装体积 1003264 (1152 rxn)
	NadPrep Universal UDI-index Primer Mix #	96×72 µL (Tube)	96×72 µL (Tube)	96×72 µL (Tube)	96×72 µL (Tube)
	NadPrep Universal Stubby Adapter	2×1350 µL (Tube)	2×1350 µL (Tube)	2×1350 µL (Tube)	2×1350 µL (Tube)
	NadPrep Amplification Primer Mix II	900 µL (Tube)	900 µL (Tube)	900 µL (Tube)	900 µL (Tube)

全长型双端唯一接头模块（for Illumina）

管盖颜色	组分名称	包装体积 1003211 (24 rxn)	包装体积 1003212 (24 rxn)	包装体积 1003211 (96 rxn)	包装体积 1003212 (96 rxn)	包装体积 1003213 (192 rxn)	包装体积 *1003224 (480 rxn)**
	NadPrep UDI Adapter #	12×10 µL (Tube)	12×10 µL (Tube)	12×22 µL (Tube)	12×22 µL (Tube)	24×22 µL (Tube)	96×3.5 µL (Plate)×5

*包装形式为 96 rxn/Plate。

使用 μCaler® DNA Full Screen System 进行的 MSRE 反应不完全的可能原因有哪些？该怎么解决？

可能原因	解决方案
样本存在反应抑制剂 (如 EDTA、高 pH 值等)	对样本进行纯化后再进行试验
试剂保存不当	试剂总量较大时，建议分装使用，避免反复冻融

试剂盒的适用样本范围及具体要求有哪些？

NadPrep®DNA 通用型文库构建试剂盒兼容多种类型样本的文库构建，包括全血 gDNA、FFPE、血浆 cfDNA 等。对于复杂样本的处理（如 FFPE 组织样本），推荐从源质控。样本应选取合适的提取试剂盒，并进行相应的定量及片段质检，建议如下：

类别	要求
提取试剂盒推荐	常规 gDNA	血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒（天根；货号：DP304）
	cfDNA	QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；货号：55114）
	FFPE 组织 gDNA	QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen；货号：56404）
溶剂	推荐使用无核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取试剂盒配备的 Buffer溶解 DNA 样品。酶切片段化试剂多对 EDTA 浓度敏感，应避免使用含 EDTA 的溶剂溶解。如有必要可进行1.8-2.0 ×磁珠纯化去除。
定量	基于分光光度计原理的 NanoDrop 和基于双链 DNA 荧光染料的Qubit®、PicoGreen®进行定量。
纯度	OD260/OD280=1.8~2.0；OD260/OD230=2.0~2.5。OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白质、酚等污染；OD260/OD230<2.0，则表明有碳水化合物、盐类或者有机溶剂污染。
片段分布	常规 gDNA	1% 的琼脂糖凝胶电泳时，>15 kb 的清晰主带。
	cfDNA	Bioanalyzer或 Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。
	FFPE 组织 gDNA	1% 的琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪，如 Agilent 2100 进行样本完整性评估。

样本片段化方式推荐及建议？

试剂盒兼容多种打断模式。如对时效性和实验简洁性有要求，推荐酶切片段化；如对随机性和均一性有要求，推荐超声片段化。

Illumina®平台，NadPrep®目前提供的接头类型？

纳昂达针对 Illumina® 平台目前有以下接头类型可供选择，用以与 NadPrep® DNA建库模块搭配，形成完整的 DNA 文库构建体系。

接头类型

说明

推荐应用

NadPrep® UDI Adapter

双端唯一 8nt index 全长接头

全基因组，宏基因组，液相杂交靶向捕获测序

NadPrep® Universal Stubby Adapter

双端唯一 10 nt index，当文库在 Illumina 平台测序时，支持双端 8 nt 或 10 nt 的标签读取模式，1-384 种

NadPrep® UMI Adapter

含随机分子标签通用短接头，可搭配双端唯一 10 nt index 引物，构建全长文库，1-48 种

低频突变检测（～1% 或以下突变频率）

接头使用注意事项？

接头比例过高会导致接头或接头二聚体残留；接头比例若不足则会影响连接效率进而降低文库产量。接头使用还应注意保存方式、稀释方法和稀释浓度：

• 保存：避免反复冻融，如欲多次使用，应提前分装；

• 稀释液：推荐使用试剂盒内TE Solution进行接头的稀释，但稀释液不建议长期保存；

• 稀释用量：根据样本起始投入量、片段大小，计算合适的接头与DNA片段摩尔比，可达最佳产量。具体推荐摩尔比，可参考相关说明书。

• 实验操作：保持连接反应在冰上进行，接头与连接体系分别加入，避免提前自连。

双筛适合哪些情况，其损耗及注意事项有哪些？

适用于片段化后 DNA 分布范围较宽且期望得到稳定的数据产出的情况。但获得狭窄峰型也会降低文库丰度，故操作少量样本时应注意损耗。双筛分为片段化后双筛、连接后双筛两种。在双筛的过程中短片段损失更多但分布更集中，而长片段与之相反。由于连接后双筛时已引入了接头，因此相对片段化后双筛损失更少，但峰型相对较宽。此时还应注意：

• 任意形式的双筛都会带来 DNA 的损耗，因此扩增循环数需要至少增加 1 个循环；

• 任意形式的双筛都会带来原始文库丰度的损耗，可能会导致测序数据中的重复率的增加；

• 打断片段的平均大小应接近预期片段大小，以减少样本损失。

如何提高回收效率?

推荐以下操作以提高回收效率：适当增加孵育时间；适当提高磁珠纯化倍数（如纯化样本步骤，非片筛）；使用新鲜配制的 80% 乙醇。

gDNA 建库是否支持 PCR-Free 文库构建及其注意事项？

支持。但仅适配于全长型接头，即 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒（for Illumina^®）搭配全长 NadPrep^® UDI Adapter 进行文库构建。

文库构建结果出现峰型异常的原因及解决办法？

文库长度分布可通过凝胶电泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系统进行检测，但应注意不同分析仪器的文库片段读数可能会存在一定的偏差。常见的异常文库片段分布原因如下：

异常峰型	产生原因	解决办法
有短片段（~100 bp）小峰	接头冗余	合适的Input DNA量和接头使用量；注意加样及连接条件
有双峰（额外单个短片段峰）	过度扩增	降低Input DNA量，降低扩增循环数
额外有长片段峰	磁珠残留	纯化步骤时小心操作，以去除全部磁珠

吸取部分试剂时，移液器吸头上有溶液残留，如何解决？

试剂盒内 Ligation Buffer、 DNA Ligase、End Repair & A-Tailing Enzyme 等试剂较为黏稠，建议上下颠倒或反复轻弹融解混匀。操作过程中使用低吸附吸头，缓慢平稳吸取与释放。如吸头有试剂残留可反复吹吸或使用反向移液法，务必确保加液的准确性。

类别	产品	详情	货号
建库模块	NadPrep^®️ DNA Library Preparation Kit (for Illumina^®️) G24	24 rxn	1002101
	NadPrep^®️ DNA Library Preparation Kit (for Illumina^®️) E96	96 rxn	1002103
通用截短型双端唯一接头	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set A1, 24 rxn	Index 1-12 24 rxn	1003240

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B1, 96 rxn	Index 1-24 96 rxn	1003241

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B2, 96 rxn	Index 25-48 96 rxn	1003242

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E1, 96 rxn	Index 1-96 96 rxn	1003251

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E2, 96 rxn	Index 97-192 96 rxn	1003252

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E3, 96 rxn	Index 193-288 96 rxn	1003253

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E4, 96 rxn	Index 289-384 96 rxn	1003254

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F1, 1152 rxn	Index 1-96 1152 rxn	1003261

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F2, 1152 rxn	Index 97-192 1152 rxn	1003262

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F3, 1152 rxn	Index 193-288 1152 rxn	1003263

	NadPrep^®️ Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set F4, 1152 rxn	Index 289-384 1152 rxn	1003264

全长型双端唯一接头模块	NadPrep^®️ UDI Adapter Kit, Set A (for Illumina^®️)	Index 1-12 300 pmol / 接头	1003211

	NadPrep^®️UDI Adapter Kit, Set B (for Illumina^®️)	Index 13-24 300 pmol / 接头	1003212

	NadPrep^®️ UDI Adapter Kit, Set A&B (for Illumina^®️)	Index 1-24 300 pmol / 接头	1003213

	NadPrep^®️ UDI Adapter Kit Set C1 (for Illumina^®️)	24 rxn	1003221
	NadPrep^®️ UDI Adapter Kit Set D1 (for Illumina^®️)	480 rxn	1003224