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解决方案

NadPrep^®️ ES Hybrid Capture Reagents

货号：

#1005401
#1005402

NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 是针对纳昂达科技 NAD Panels/Probes 进行靶向捕获快速杂交洗脱步骤优化的试剂盒，以 NadPrep^® NanoBlockers 系列和 120 nt NAD Panels/Probes 系列构成完整的液相杂交捕获体系，支持针对不同大小 Panel 通过调整杂交时间以优化捕获性能，能够在 0.5-4 hr 快速杂交或 16 hr 过夜杂交中灵活选择。

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产品特色

● 精简洗脱 Buffer 种类为 1 种，减少人为操作失误的可能性；

● 简化实验流程，操作更便捷友好，利于自动化工作站开展；

● 支持在 0.5-4 hr 快速杂交或 16 hr 过夜杂交中灵活选择；

● 支持调整杂交时间以优化捕获性能；

产品表现

不同杂交时间的捕获表现

图 1. NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 不同杂交时间的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep^® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，分别参照 NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents (0.5/1/2/4/16 hr_ES) 和 NadPrep^® Hybrid Capture Reagents (16 hr_Trad.) 的杂交捕获操作指南。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。 A. 中靶率；B. Fold 80 base penalty；C. 0.2x mean depth；D. 0.5x mean depth。
注：捕获 Panel 中 41.7 Mb 、2.6 Mb 和 0.23 Mb 分别为 NEXome Core Panel、NanOnco Plus Panel v2.0 和 LungCancer Panel v1.0。

不同大小 Panel 的捕获表现

图 2. NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 不同大小 Panel 杂交 2 hr 的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep^®快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南。测序模式：DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。A. 捕获数据的中靶率和比对率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty 和重复率。

注：捕获 Panel 中 3.27 Mb 、0.38 Mb 和 0.028 Mb 分别为 HiSNP Plus Panel v1.0、 NanOnCT Panel v1.0 和 NanoID Panel v1.0，其余同上。

不同测序平台的捕获表现

图 3. NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 在不同测序平台的捕获表现。100 ng Human Genomic DNA (Promega, G1471)，使用 NadPrep^®快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据用于后续分析，利用 BWA 比对到参考基因组 hg38，On-target 按照 reads 数计算。 A. 捕获数据的中靶率和比对率；B. 靶区域覆盖度；C. Fold 80 base penalty 和重复率；D. GC 偏好性。
注：GC 偏好性仅以 2.6 Mb Panel 进行展示。

多种变异分析

图 4. NadPrep^®ES Hybrid Capture Reagents 捕获数据中变异频率与标准品频率的一致性。50 ng 泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (菁良，GW-OGTM800) 利用 NadPrep^® 快速 DNA 酶切文库构建试剂盒 v2，25℃ 片段化 25 min 进行预文库构建；500 ng/预文库投入，参照 NadPrep^® ES Hybrid Capture Reagents 和 NadPrep^® Hybrid Capture Reagents 的杂交捕获操作指南，以 0.23 Mb Panel 分别进行 1 hr 的快速杂交 (1 hr_ES) 和 16 hr 的过夜杂交 (16 hr_Trad.)。测序模式：Illumina Novaseq 6000，PE 150 和 DNBSEQ-T7，PE 150。选取适量数据以 Vardict 进行变异分析。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

包装编号	管/瓶盖颜色	名称	包装体积 1005402 (16 rxn)	包装体积 1005401 (96 rxn)
包装编号	管/瓶盖颜色	名称	包装体积 1005402 (16 rxn)	包装体积 1005401 (96 rxn)
Box 1		ES Hyb #1	380 μL	2×1150 μL
		Hyb #2	120 μL	720 μL
		Human Cot DNA	110 μL	650 μL
	/	ES Wash Buffer	4×4 mL	5×19 mL
		Sealing Oil	250 μL	1.5 mL
Box 2	/	Streptavidin Beads	950 μL	5.7 mL

杂交时长如何选择？

建议根据实际需求及 Panel 大小结合纳昂达 Demo 数据综合选择。

影响快速杂交捕获的因素有哪些？

① 文库质量：包括建库时的样本类型、投入量、扩增循环数、文库 Size、建库试剂盒性能等；
② 杂交：包括杂交时间、Panel 大小、Blockers 封闭效果、杂交 Input 量、杂交摩尔量计算，PCR 仪温度等；
③ 洗脱：洗脱的严谨度、试剂混匀程度、洗脱过程中的清洗力度等；
④ 扩增：扩增试剂的选择、扩增引物与文库类型是否一致，扩增的循环数等；

NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 使用时有什么注意事项？

① ES wash Buffer 使用前需要充分解溶，轻柔颠倒混匀，避免涡旋；
② 提前孵育热洗脱部分 ES wash Buffer，不少于 15 min；
③ 捕获磁珠 Streptavidin Beads 提前室温平衡 30 min；

NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 使用时对仪器设备有什么要求？

推荐使用温控精准的 PCR 仪或金属浴，如使用 Plate 操作模式，需要 PCR 仪为深孔，以确保洗脱温度满足说明书要求。

Sealing Oil 作用是什么，对杂交捕获性能是否有影响？

Sealing Oil 是一种矿物油，其本身不参与体系反应，只覆盖在杂交体系液面上防止体系挥发。如果 PCR 仪热盖过紧有体系挥发风险或自动化操作及过夜杂交推荐加入 Sealing Oil，以保证数据的稳定性。