NadPrep®️ Total RNA-To-DNA Module
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产品特色
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兼容性强，有效反转多种类型样本，包括细胞/新鲜组织/FFPE 总 RNA 样本
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反转效率高且稳定，确保双链 DNA 文库产量
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可衔接 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒，无需额外的片段化处理
建库应用
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应用方向 |
样本类型 |
推荐起始量 |
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RNA 靶向捕获测序 |
细胞 |
10-200 ng |
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组织 |
10-200 ng |
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FFPE |
20-200 ng |
建库流程
产品表现
不同起始量 RNA 转化后的 DNA 产量
图1. 不同投入量的细胞 RNA（10 ng，50 ng，100 ng 和 200 ng） 样本经 NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 转化后的双链 DNA 产量。
高效富集靶向区域
图 2. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq 的结果分析。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，捕获 Panel 为 NanOnco Plus Panel v2.0 ，分别进行：直接测序（Total RNA-Seq），去除 rRNA 测序（rRNA-depleted RNA-Seq）和捕获后测序（RNAcap-Seq）。A. 比较不同方法下 K562 细胞系和 FFPE 组织来源 rRNA 的占比，RNAcap 的 rRNA 占比最低。B. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq，测序 reads 的占比显示 RNAcap 可有效富集外显子区域。C. 使用 RPKM 值比较不同 RNA-Seq 方法对 FFPE RNA 样本的基因表达差异，RNAcap-Seq 可明显富集靶区域，富集程度为 20-50 倍。
杂交捕获，单次见效
图 3. 不同 Panel 单次捕获与两次捕获时不同测序平台的结果分析。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，并进行杂交捕获。A-B. MGI 平台捕获测序结果；C-D. Illumina® 平台捕获测序结果。不同大小 Panel 杂交捕获显示，单次捕获即可达到较高的富集程度。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。
兼容多类型样本
图 4. FFPE RNA 样本质量对 RNACap 的影响。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。A. DV 200 值与 rRNA 占比；B. DV 200 值与中靶率。高质量的 FFPE 样本（DV 200 > 60%）rRNA 占比 < 10%，RNACap 中靶率 > 80%；严重降解的 FFPE 样本（DV 200 < 30%）rRNA 占比显著升高且捕获效果明显降低。DV 200：长度超过 200 nt 的 RNA 片段所占的百分比。
gDNA 评估示例
图 5. RNA 样本中 DNA 污染程度评估示例。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。建议使用特定靶区域（如已知的非转录区）计算的 DNA 污染结果，并针对 RNAcap 设置污染阈值，如 10 read counts/Gb data。
融合检测示例
图 6. FFPE RNA 标准品融合基因检测示例。NadPrep® Total
RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco
Plus Panel v2.0。样本为经梯度稀释的菁良肿瘤融合
FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001），纵坐标为标准化的 Spanning
Reads 值。
兼容双测序平台
本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。
RNA-To-DNA 模块
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包装编号
管盖颜色
组分名称
包装体积
1002401 (24 rxn)
包装体积
1002402 (96 rxn)
Box1
1st Strand Synth.
Buffer
120 µL
460 µL
Random Primer
30 µL
115 µL
1st Strand Synth.
Enzyme
60 µL
230 µL
2nd Strand Synth.
Buffer
810 µL
2×1550 µL
2nd Strand Synth.
Enzyme
90 µL
345 µL
Nuclease Free Water
2.5 mL
8 mL
Box2
NadPrep SP Beads
2.5 mL
10 mL
推荐靶向捕获 Panel 中包含 Non-exonic 区域探针或与 Non-exonic control panel 混合使用，以便确认或评估 DNA 污染。
纳昂达推荐使用标准品 ERCC（External RNA Control Consortium） RNA Spike In Mix（货号，4456740），此序列包含 92 条长约 250-2000 nt 的寡聚核苷酸。可参考说明书推荐，掺入待测 RNA 样本中，再按常规流程进行文库构建，后续搭配纳昂达 Ext-RNA Control Panel v1.0, 96 rxn（货号，1001651），进行靶向测序的 ERCC 标准曲线分析。
纳昂达内部测试了直接测序（Total RNA-seq）、去除 rRNA 后测序（rRNA-depleted RNA-seq）和捕获后测序（RNA-Cap）。结果显示，Total RNA-seq 与 rRNA-depleted RNA-seq 的基因表达基本一致，且无明显富集，RNA-Cap 则可明显富集靶区域。
纳昂达推荐提取后的总 RNA 使用总 RNA 逆转录模块搭配 DNA 通用建库模块及靶向捕获模块，进行 RNA-Cap 的靶向捕获，可获得更高的测序量及目的靶区域信息。
如后续直接测序，建议去除。总RNA逆转录模块可兼容市场上其他rRNA商用试剂盒定向去除，如NEBNext® rRNA Depletion Kit v2（NEB），AnyDeplete Module（NuGen）等。如后续用于靶向捕获则可无需去除。
总 RNA 逆转录模块兼容多种类型样本，包括细胞、组织、FFPE 样本等。对于复杂样本的处理（如 FFPE 组织样本），推荐从源质控。样本应选取合适的提取试剂盒，并进行相应的定量及片段质检，建议如下：
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类别 |
要求 |
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提取试剂盒推荐 |
细胞系 RNA |
AllPrep DNA/RNA Mini Kit（Qiagen；货号，80204） |
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FFPE RNA |
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（Qiagen；货号，80234） |
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定量 |
基于分光光度计原理的NanoDrop和基于荧光染料的 Qubit® RNA HS Assay 定量 |
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纯度 |
OD260/OD280=1.7-2.0。OD260/OD280>2.0 表明有异硫氰酸污染，<1.7 表明有蛋白质等污染 |
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完整性 |
定量法 |
RNA IQ（By Qubit™ RNA IQ Assay Kit）＞4 RIN（By Agilent 2100）＞3 DV200（By Agilent 2100；＞200 nt RNA所占比例）＞50% |
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条带检测法 |
2%的琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪，如 Agilent 2100、Bioptic（Qsep）进行样本完整性评估。 |
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产品 |
详情 |
货号 |
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NadPrep®️ Total RNA-To-DNA Module, 24 rxn |
24 rxn |
1002401 |
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NadPrep®️ Total RNA-To-DNA Module, 96 rxn |
96 rxn |
1002402 |
应用指南
DEMO数据
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400 8717 699 或 support@njnad.com。