NadPrep® RNA & DNA 共建库模块
#1002412
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产品特色
● 灵活兼容
支持 10-100 ng RNA 和 1-100 ng DNA 不同比例的混合样本
兼容 MGI 和 Illumina 双测序平台
● 简单快速
一管式操作，快速便捷
RNA & DNA 单流程共建库，耗时 3-3.5 hr
● 高效均一
稳定高效的文库产出
均一的文库片段分布
低 GC 偏好性
● 背景菌控制
全流程全方位严控背景菌污染，包括环境控制、耗材控制、原料控制、工艺控制、生产过程控制、质量控制等
建库流程
产品表现
灵活兼容
图 1. NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module 对不同比例起始量 RNA & DNA 混合样本的文库产出。A. 文库产出；B. 文库产出 (UDI)。利用 NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module 分别搭配 NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module (for MGI) 和 NadPrep® Universal Stubby Adapter(UDI) Module 进行文库构建。
注：RNA 样本为 K562 细胞系 RNA； DNA 样本为人类基因组 DNA 标准品 (Promega，G1521)。
图 2. NadPrep® RNA & DNA tNGS 全流程解决方案在双测序平台的检出情况。A. 捕获数据的比对率； B. Coronavirus (冠状病毒) reads 分布；C. Candida albicans (白色念珠菌) reads 分布；D. rRNA reads 分布。利用 NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module 进行预文库构建，以 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 和 NEX-t Panel v1.0 完成杂交捕获，0.5 Gb 用于数据分析，经 DNBSEQ-T7, PE150 和 Illumina Novaseq 6000, PE150 测序。
注：横坐标标注表示拟宿主混合核酸样本起始投入量：掺入病原混合核酸样本起始投入量。拟宿主混合核酸样本为 Human Brain Total RNA 标准品 (Clontech, 636530) 和人类基因组 DNA 标准品 (Promega，G1521) 以 1:1 进行混合。掺入病原混合核酸样本为新型冠状病毒奥密克戎突变株基因组 RNA 标准物质 (中国计量科学研究院，NIM-RM 5225；1 pg 为 50 copies) 和 Candida albicans 标准品 (ATCC, 10231；1 pg 为 6000 copies) 以 1:1 进行混合。
有效提升检测灵敏度
图 3. 基于 NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module 分别采用 tNGS 和 mNGS 对模拟病原微生物样本的检出 reads 分布。 A. Coronavirus (冠状病毒) reads 分布； B. Candida albicans (白色念珠菌) reads 分布。
注：测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
图 4. 共建库与单建库对不同拷贝数的 RNA 混合样本的的捕获表现。A. 捕获数据 reads 分布；B. 富集倍数。
注：横坐标为新型冠状病毒奥密克戎突变株基因组 RNA 标准物质样本的拷贝数。样本来源于 Human Brain Total RNA 标准品 (Clontech, 636530) 和不同拷贝数的 RNA 病毒样本的混合物。
图 5. 共建库与单建库对不同微生物含量的模拟菌群样本的捕获后覆盖深度。模拟菌群样本分别使用 NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module (Co-Prep) 和 NadPrep® EZ DNA Library Preparation Module v2 (DNA-Prep) 搭配 NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Adapter 进行文库构建，以 NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents 和 NEX-t Panel v1.0 完成杂交捕获。
注：样本来源为以人类基因组 DNA 标准品 (Promega，G1521) 按照不同比例对 20 菌株交错的混合基因组材料 (ATCC，MSA-1003) 进行稀释，以获得 0.001%-1% MSA-1003 的模拟菌群。测序模式为 Illumina Novaseq 6000， PE150。
低 GC 偏好性
图 6. NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module 对宏基因组样本的建库表现。A. 金黄色葡萄球菌，B. 枯草芽孢杆菌和 C. 发酵乳杆菌等不同 GC 含量的全基因组文库的 GC 偏好性。
临床真实样本应用示例
图 7. NadPrep® RNA & DNA tNGS 全流程解决方案对真实样本的检测表现。A. 文库产出；B. Rhinovirus A 和 Rhinovirus C reads 占比 。
注：样本来源为 50 ng 临床鼻病毒核酸样本。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
文库构建模块
| 包装编号 | 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1002411(24 rxn) |
包装体积 1002412 (96 rxn) |
| Box1 |
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Co-Random Primer | 60 µL | 230 µL |
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1st Co-Strand Synth. Buffer | 120 µL | 460 µL | |
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1st Co-strand Synth.Enzyme | 60 µL | 230 µL | |
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2nd Co-strand Synth.Buffer | 240 µL | 960 µL | |
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2nd Co-strand Synth. Enzyme | 60 µL | 230 µL | |
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Co-FFRA Buffer | 150 µL | 575 µL | |
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Co-FFRA Enzyme |
150 μL |
575 μL |
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Ligation Buffer | 750 μL | 1.5 mL | |
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DNA Ligase | 65 μL | 250 µL | |
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2X HiFi PCR Master Mix | 720 μL | 1.6 mL | |
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/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
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TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
双端唯一接头模块 (for MGI)
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003711 (24 rxn) |
包装体积 1003721 (96 rxn) |
包装体积 1003722 (96 rxn) |
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NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) |
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NadPrep M-Adapter (DI) | 60 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003751 (96 rxn) |
包装体积 1003752 (96 rxn) |
包装体积 1003753 (96 rxn) |
包装体积 1003754 (96 rxn) |
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NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) |
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NadPrep M-Adapter (DI) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) |
通用截短型双端唯一接头模块
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003240 (24 rxn) |
包装体积 1003241 (96 rxn) |
包装体积 1003242 (96 rxn) |
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NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # | 12×15 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) | 24×25 µL (Tube) |
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NadPrep Universal Stubby Adapter | 60 µL (Tube) | 230 µL (Tube) | 230 µL (Tube) |
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NadPrep Amplification Primer Mix II | 20 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) |
| 管盖颜色 | 组分名称 |
包装体积 1003251 (96 rxn) |
包装体积
1003252 (96 rxn) |
包装体积
1003253 (96 rxn) |
包装体积
1003254 (96 rxn) |
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NadPrep Universal UDI-index Primer Mix # | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) | 96×8 µL (Plate) |
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NadPrep Universal Stubby Adapter | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) | 260 µL (Tube) |
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NadPrep Amplification Primer Mix II | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) | 75 µL (Tube) |
- 若共建库样本为共提取 total 核酸样本，需同时对样本中的 RNA 和 DNA 进行 Qubit 定量，并按说明书推荐扩增循环进行文库扩增。
- 实验过程中须使用 RNase-free 耗材，操作环境确保无 RNase 污染，否则会影响 RNA 样本的反转效率。
- 共建库核酸样本中若含有过多的螯合剂、胍盐、苯酚、蛋白质、乙醇等杂质，会影响 RNA 反转录酶活性以及 DNA 酶切效率，建议使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本，替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。
- 质量较差的样本可以适当提高 PCR 扩增循环数。
共建库核酸样本中若含有较高浓度的 EDTA 或过高 pH 会影响 DNA 的酶切效率，建议使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本，替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。
本试剂盒可以耐受含 EDTA（1 mM）的核酸样本 6 µL，即 cDNA 一链合成体系 EDTA 终浓度为 0.3 mM，此时 RNA 反转录抑制较少，且该浓度下共建库酶切效果无影响。建库前先确认样本溶剂，若超过推荐 EDTA 临界值则需要使用 2X NadPrep® SP Beads 纯化核酸样本，替换洗脱试剂为 Nuclease Free Water 后再进行文库构建。
混合核酸样本进行 RNA & DNA 共建库时，DNA 样本占比越多，酶切片段越大。可以参考说明书中预期插入片段长度和推荐酶切时间进行适当调整。
本试剂盒构建的文库可搭配 NEX-t Panel v1.0 和 NadPrep®️ ES Hybrid Capture Reagents 使用，可显著缩短病原靶向测序耗时，同时简化实验步骤。
图 1. DNA 样本经不同建库方案的文库产出和捕获表现。A. 文库产出；B. 捕获数据的比对率。
注：样本来源为 50 ng 人类基因组 DNA 标准品 (Promega, G1521)。测序模式为 Illumina Novaseq 6000, PE150。
图 2 . RNA 样本经不同建库方案的捕获文库的 ERCC 表达谱相关性。A. NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module ；B. NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 衔接 NadPrep® DNA Library Preparation Module 。
注：样本来源为 K562 细胞系 RNA，起始投入量为 50 ng；预文库投入量 200 ng。
| 类别 | 产品 | 详情 | 货号 |
| 建库模块 | NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module, 24 rxn | 24 rxn | 1002411 |
| NadPrep® RNA & DNA Library Co-Preparation Module, 96 rxn | 96 rxn | 1002412 | |
|
双端唯一 接头模块 |
NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn |
MDI 1-12 24 rxn |
1003711 |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn |
MDI 1-24 96 rxn |
1003721 | |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn |
MDI 25-48 96 rxn |
1003722 | |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set E1 (for MGI), 96 rxn |
MDI 1-96 96 rxn |
1003751 | |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set E2 (for MGI), 96 rxn |
MDI 97-192 96 rxn |
1003752 | |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set E3 (for MGI), 96 rxn |
MDI 193-288 96 rxn |
1003753 | |
| NadPrep® Universal Adapter (MDI) Module Set E4 (for MGI), 96 rxn |
MDI 289-384 96 rxn |
1003754 | |
|
通用截短型 双端唯一 接头模块 |
NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set A1, 24 rxn |
UDI 1-12 24 rxn |
1003240 |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B1, 96 rxn |
UDI 1-24 96 rxn |
1003241 | |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B2, 96 rxn |
UDI 25-48 96 rxn |
1003242 | |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E1, 96 rxn |
UDI 1-96 96 rxn |
1003251 | |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E2, 96 rxn |
UDI 97-192 96 rxn |
1003252 | |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E3, 96 rxn |
UDI 193-288 96 rxn |
1003253 | |
| NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set E4, 96 rxn |
UDI 289-384 96 rxn |
1003254 |
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