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μCaler® Total Solution for AML

μCaler® Total Solution for AML

μCaler® AML MRD 全流程解决方案基于液相杂交靶向富集技术，专为成人急性髓系白血病 MRD 研究而设计。该方案精选的 MRD 靶标覆盖约 90% AML 病例的突变，可评估包含碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息。结合双端分子标签和 μCaler® 杂交捕获技术可实现超高检测灵敏度，且能够在单日内完成全部实验流程。 μCaler® AML Panel v1.0 靶向成人急性髓系白血病常见变异，探针覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，涉及 32 个基因，支持包括碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息的富集，适用于 MRD 监测。
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方案表现

精准覆盖

● 参考多个数据库 (COSMIC & TCGA) 和指南，选取更有可能包含突变的区域

● ~90% 病例存在 1 个突变，~60% 病例存在 3 个及以上突变 (AML_OHSU_2022 cohort)

● 覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，可检测 AML 相关 32 个基因的碱基替换、插入/缺失、基因融合

基因列表

ASXL1
Exon 12,13 		BRINP3
Exon 3,8 		CBL
Exon 8,9 		CEBPA*
Full CDS 		DNMT3A
Exon 8-23 		EZH2
Exon 4-6,8,13-20 		FLT3
Exon 14,15,20 		GATA2
Exon 3-6 		HNRNPK
Exon 4-6,10,12,15,16 		IDH1
Exon 4 		IDH2
Exon 4
JAK2
Exon 14 		KIT
Exon 8,17 		KMT2A†
Intron 8-10 		KRAS
Exon 2,3 		MYH11†
Intron 32 		NPM1
Exon 10,11 		NRAS
Exon 2,3 		PHF6*
Full CDS 		PTEN
Exon 5,7 		PTPN11
Exon 3,13 		RAD21*
Full CDS
RUNX1*
Full CDS 		SF3B1
Exon 14,15 		SMC1A
EXON 2,9,11,13,15-17,22 		SMC3
Exon 9,10,13,19,24,25,27 		SRSF2
Exon 1 		STAG2
Exon 4,5,7-9,14,16,18,19,24,26-30 		TET2*
Full CDS 		TP53*
Full CDS
U2AF1
Exon 2 		WT1
Exon 6-9
注：*覆盖全部 CDS 区域；†覆盖融合相关内含子区域。

低背景噪音

图1-A
图1-B
图1-C
图 1. 采用不同片段化方法学经 DCS211 分析标准过滤后的背景噪音。A. 常规酶切片段化；B. 超声打断；C. NadPrep® NEM 片段化。NadPrep® NEM 片段化相较于其他两种方法学从源头上显著减少背景噪音。

灵敏度更高

7

图 2. 不同 Input 条件下， μCaler® AML MRD 全流程解决方案与超声打断建库检测到的 Duplex depth (DCS211)。参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书；以双链一致性序列 (Duplex Consensus Sequences, DCS211) 为标准进行过滤，测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。

测序成本更低

7

图 3. 达到特定深度下， μCaler® AML MRD 全流程解决方案与常规杂交捕获方式所需的最低测序数据量 (满足双链一致性分析)。

注：Traditional 为常规杂交捕获方式，按照中靶率 15% 计算。



稳定高效

6

图 4. μCaler® AML MRD 全流程解决方案不同实验批次的稳定性表现。A. 中靶率；B. 测序产出均一性。DNA 样本参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书进行预文库构建和文库杂交。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。

高效便捷

6

捕获表现

图1A
图1B
图1C
图 5. μCaler® AML MRD 全流程解决方案的基础捕获表现。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。A. 捕获数据的比对率、中靶率及靶区域覆盖度；B. 测序深度；C. 靶区域覆盖均一性。
注：样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell，GW-OGTM800) 与人类男性基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471) 按比例混合，以模拟不同突变频率 (0.025%~0.1%) 的样本。

变异分析

图5-A
图5-B
图5-C
图 6. μCaler® AML MRD 全流程解决方案的变异分析。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler® AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。A. 平均深度(DCS211 ≥ 1)；B. 支持突变的有效 reads 数；C. 理论与检出的突变频率。
注：测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。

NEM 片段化模块

管盖颜色 名称

包装体积

1002801（24 rxn）

NEM Fragment Buffer 60 μL

NEM Fragment Enzyme Mix 60 μL

Stop Solution 150 μL

通用建库模块

包装编号 管盖颜色 组分名称 包装体积
1002101 (24 rxn) 		包装体积
1002103 (96 rxn)
Box1

EndRepair & A-Tailing Buffer 180 µL 690 µL

End Repair & A-Tailing Enzyme 120 µL 460 µL

Ligation Buffer 750 µL 2×1500 µL

DNA Ligase 65 µL 250 µL

2X HiFi PCR Master Mix 720 µL 2×1600 µL

NadPrep Amplification Primer Mix II 145 µL 650 µL

/

Nuclease Free Water 2.5 mL 8 mL

TE Solution 1 mL 4 mL
Box2

/

NadPrep SP Beads 4 mL 15 mL

包装编号 管盖颜色 组分名称 包装体积
1002211(24 rxn) 		包装体积
1002212 (96 rxn)
Box1

EndRepair & A-Tailing Buffer 180 µL 690 µL

End Repair & A-Tailing Enzyme 120 µL 460µL

Ligation Buffer 750 µL 2×1500 µL

DNA Ligase  65 µL 250 µL

2X HiFi PCR Master Mix 720 µL 2×1600 µL

NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) 20 µL 75 µL

NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) 20 µL 75 µL

/

Nuclease Free Water 2.5 mL 8 mL

TE Solution 1 mL 4 mL
Box2

/

NadPrep SP Beads 4 mL 15 mL
分子标签接头模块

管盖颜色 组分名称

包装体积

 1103111 (24 rxn)

包装体积 

1103121 (96 rxn)

包装体积 

1103122 (96 rxn)

NadPrep Universal UDI-Index Primer Mix # 12×15 µL 24×25 µL 24×25 µL

NadPrep UMI Adapter 60 µL 230 µL 230 µL

NadPrep Amplification Primer Mix II 20 μL 75 μL 75 μL

管盖颜色 组分名称 包装体积
1003911 (24 rxn) 		包装体积
1003921 (96 rxn) 		包装体积
1003922(96 rxn) 		包装体积
1003925 (96 rxn) 		包装体积
1003926 (96 rxn)

NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix  # 12×15 µL 24×25 µL 24×25 µL 24×25 µL 24×25 µL

NadPrep BMI-Adapter 60 µL 230 µL 230 µL 230 µL 230 µL


封阻序列

管/瓶盖颜色 名称

包装体积

1106102 (16 rxn)

包装体积

1106101 (96 rxn)

μCaler NanoBlockers (for Illumina®) 40 μL 210 μL

管/瓶盖颜色 名称

包装体积

1106212 (16 rxn)

包装体积

1106211 (96 rxn)

μCaler NanoBlockers (for MGI, DI) 40 μL 210 μL

杂交捕获试剂

包装编号 管/瓶盖颜色 名称

包装体积

1105202 (16 rxn)

包装体积

1105201 (96 rxn)

Box 1

μHyb #1 840 μL 3×1700 μL

μHyb #2 130 μL 790 μL

Human Cot DNA 45 μL

260 μL

μEnhancer 1300 μL 5×1600 μL
Box 2

Streptavidin Beads 480 μL 2.9 mL

/

Wash Buffer A Pro 2×5.8 mL 3×23 mL

/

Wash Buffer B 2.9 mL 20 mL

捕获 Panel

货号 管盖颜色 产品名称 包装体积
1101412

μCaler AML Panel v1.0, 16 rxn 40 μL
1101411

μCaler AML Panel v1.0, 96 rxn 210 μL

使用μCaler® AML MRD杂交捕获后文库产出过高的可能原因有哪些？该怎么解决
可能原因 解决方案
起始投入量过高 建议使用 Qubit™ 3.0 进行定量
扩增循环数偏高 根据操作指南推荐方案摸索最佳扩增循环数
洗脱过程未按照操作指南进行，导致脱靶严重 洗脱过程严格按照操作指南要求进行操作
使用μCaler® AML MRD杂交捕获后文库产出过低的可能原因有哪些？该怎么解决
可能原因 解决方案
起始投入量不准确 实际起始投入量偏低，建议使用 qPCR 进行精确定量
转管时未将反应液全部转出 转管时务必将每一步的溶液全部转移至新的反应管
杂交以及磁珠纯化过程丢弃部分磁珠 洗脱过程操作避免过于剧烈，弃上清过程切勿丢失磁珠
使用μCaler® AML MRD杂交捕获后中靶率低的可能原因有哪些？该怎么解决
可能原因 解决方案
洗脱过程产生大量气泡 移液器使用时需轻柔吹吸混匀，避免进入空气；若产生气泡，可先用移液器将液面上方气泡吸干净后再弃上清
未更换 PCR 管盖 严格按照说明书要求更换 PCR 管以及管盖
试剂未完全混匀 试剂使用前严格按照操作指南要求进行混匀，并置于相应的温度预热
使用μCaler® AML MRD酶切后产物片段偏大的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
NEM Fragment Enzyme Mix 使用以及保存不当 NEM Fragment Enzyme Mix 使用前分装保存，冰盒拿取，避免存放在温度波动较大之处。若该组分存放时间较长导致切割效率降低，可将片段化时间延长 5 min。
使用μCaler® AML MRD酶切后产物浓度偏低的可能原因有哪些？该怎么解决？
可能原因 解决方案
片段化 DNA 投入量过低 酶切产物回收效率在 10% 左右，为保证有足够的酶切产物进行建库，可将足量的原始样本分多管同时进行酶切
类别 产品名称 规格 货号
NME 片段化模块 NadPrep® NEM Fragment Module, 24 rxn 24 rxn 1002801
建库模块 NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) G24 24 rxn 1002101
NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) E96 96 rxn 1002103
NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn  24 rxn 1002211
NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn  96 rxn 1002212
分子标签接头模块 NadPrep® UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn 1-12 1103111
NadPrep® UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn 1-24 1103121
NadPrep® UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn 25-48 1103122
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn MDI 1-12 1003911
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn MDI 1-24 1003921
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn MDI 25-48 1003922
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn MDI 49-72 1003925
NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn MDI 73-96 1003926
封阻序列 μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 16 rxn 16 rxn 1106102
μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 96 rxn 96 rxn 1106101
μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 16 rxn 16 rxn 1106212
μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 96 rxn 96 rxn 1106211
杂交捕获试剂 μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 16 rxn 16 rxn 1105202
μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 96 rxn 96 rxn 1105201
捕获 Panel μCaler® AML Panel v1.0, 16 rxn 16 rxn 1101412
μCaler® AML Panel v1.0, 96 rxn 96 rxn 1101411

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应用指南

DEMO数据

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