NadPrep® Hybrid Capture Reagents

货号：

#1005102 #1005101

NadPrep^® Hybrid Capture Reagents 是针对纳昂达科技 Probes 和 Panels 进行靶向捕获杂交洗脱步骤优化的试剂。

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产品表现

图1. NadPrep^® Hybrid Capture Reagents 的表现。采用NadPrep^® DNA Library Preparation Module (for MGI)，搭配 NadPrep^® Universal Adapter (DI) Module 构建 gDNA 文库，NadPrep^® Hybrid Capture Reagents对纳昂达科技不同大小的 panel 捕获测试均表现稳定。

注：样本为 gDNA；测序平台为 MGISEQ-2000，PE100；利用 BWA 比对到参考基因组 GRCh37/hg19，以比对到 Panel 及其侧翼区域上的 reads 数计算中靶率。操作说明采用《DNA 文库杂交捕获（MGI 平台）操作指南》Version 1.5。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

杂交捕获试剂

包装编号	管盖颜色	组分名称	包装体积 1005102(16 rxn)	包装体积 1005101 (96 rxn)
Box1		Hyb #1	380 μL	2×1150 µL
		Hyb #2	120 μL	720 µL
		Human Cot DNA	110 μL	650 µL
	/	Bead Wash Buffer	6 mL	35 mL
	/	Wash Buffer 1	5 mL	30 mL
	/	Wash Buffer 2	6.4 mL	38 mL
	/	Wash Buffer 3	3 mL	18 mL
	/	Wash Buffer 4	3 mL	18 mL
Box2	/	Streptavidin Beads	950 μL	5.7 mL

多文库的混合捕获实验，对于文库投入量推荐？

推荐如下：

• 对于 Size 分布均一、所需测序数据量相同的文库，一般在文库混杂投入比＞50 % 的前提下，推荐 500 ng/文库的投入量，以期提高文库丰富度，降低测序数据的重复率；

• 对于 Size 分布不均一、样本质量差异较大、所需测序数据量不同的文库，一般在文库混杂比＞50 % 的前提下，推荐按照摩尔量进行相应比例的混合。

注：1. 混杂投入比=样本进入杂交反应的文库量/样本实际文库构建产出总量*100 %；

2. moles of dsDNA (mol) = mass of dsDNA (g) / ((length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol)

杂交捕获前，对于混合文库的浓缩，是否有具体推荐？

目前混合文库的浓缩推荐采用真空浓缩法或磁珠浓缩法，具体操作可参考DNA文库杂交捕获操作指南。相关测试结果表明不同浓缩法的结果基本一致，仅存在轻微GC差异偏好。但真空法更经济、操作简单，而磁珠法则可适配自动化工作站，可根据具体情况进行选择：

浓缩方式	优点	缺点
真空浓缩	操作简便、时间可控、损失低	需要真空浓缩仪
磁珠浓缩	无需另购仪器、可适配自动化工作站	存在DNA损失且需求试剂量增加、存在GC偏好性

对于捕获后再进行重亚硫酸盐处理的甲基化靶向捕获，该如何处理？

为了解除带有生物素标记的文库与链霉亲和素磁珠的结合，可尝试使用以下二者操作之一（或参考 M270 磁珠官方建议）：

• 溶于 10 mM EDTA、95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中，混匀并于 65℃下加热 5 min或 90℃下加热 2 min；

• 溶于 0.1 % SDS，混匀并加热煮沸 5 min。

针对不同杂交时长，应该如何进行选择？是否可进一步缩短快速杂交的时长？

尽管杂交捕获体系已经过优化，适用于更短时间的杂交。但与 16 h 杂交相比，不同类型的 Panel 随着杂交时长的缩短，在捕获文库总量、捕获效率、覆盖均一性等方面皆存在不同程度的降低，详见下图。相比中大型 Panel（＞0.4 Mb），小型 Panel（＜0.4 Mb）受到的影响更大。对于有时效性要求的，可对大型 Panel 尝试缩短杂交时间，但不建议将此种情况用于小型 Panel。