产品服务

  • 如下图所示,对于不同微生物含量的样本,检出下限均在 3 拷贝附近。实际使用时,灵敏度主要由建库投入量决定。需要注意的是,文库制备存在转化率的制约因素,不是所有拷贝都能成功转化。与之类似,当拷贝数为个位数时,多重扩增子的扩增成功率也会降低。
  • 此外,拷贝数小于 1 并不意味着无法被检出,这是因为 NEX-t Panel v1.0 在一个物种存在多个探针捕获区域时,其拷贝数可以累加,从而提高检测灵敏度。

图3

由于不同样本中的病原含量差异较大,如果希望每个样本都获得相似的数据量,则无法混合杂交,只能单独杂交。不过如下图所示,当样本中微生物含量存在数量级的差异时,虽然数据量差异较大,但是对于低丰度的样本,其本身所需的数据量也相对较低。同时,不同样本之间由于使用相同的实验参数,具有相似的 PCR 重复率。如果将它们分别杂交捕获,并设置相同的测序量,则低丰度样本需要增加 PCR 循环数,相同的信息量只会以重复的形式组成提升的测序数据量,这是因为 Panel 捕获后测序更容易达到饱和。因此,对于具有相似来源的样本,我们建议是可以进行混合杂交的。

图片2

  • 支持。RNA 病毒和 DNA 病毒可以采用共建库的方式制备预文库,然后再进行捕获;也可以分别制备 RNA 文库和 DNA 文库,混合后杂交。一般来说 RNA 文库不需要进行宿主核糖体 RNA 的去除。
  • 下图示例展示了含有流感病毒 (H10N3) RNA 文库与 DNA 文库共杂交的捕获情况。共计 15 个文库中包含了 11 DNA 文库和 4 RNA 文库。示例文库数据量为 100 Mb (15 个文库总数据量为 9.3 Gb),其中宿主序列占比为 58.3%

图片1

以下是 12 杂 1 的实际表现(男性 gDNA 和女性 gDNA 各 6 个文库,500 ng/文库,取 25 M reads pair 数据分析)

图片12
图片13

图片14



FAQ3
FAQ4

  • NEXome 只是减少了不必要的外显子侧翼覆盖,对于侧翼 20 bp 的覆盖是完全可以保证的。
  • 如下图所示,测序数据共 10 G,insert size 236 bp 的数据中,99.7% 的外显子侧翼 20 bp 处达到 20x 覆盖,90% 外显子达到 53x,80% 达到 65x。
tupian11
不可以,此 Panel 是基于转录本 cDNA 序列进行探针设计,不兼容 DNACap。

1、Intron 区 repeats 无法放置探针;

2、Intron 区跨度巨大,需放置大量探针;

图片1


推荐 HRR Panel v1.0  与 HiSNP Ultra Panel v1.0 等探针摩尔浓度混合使用。此时两款 Panel 的测序深度比例约为 2:1。
HiSNP Ultra 本身可达到75x /Gb。推荐按 500x 测序,即7.5 Gb/文库。

搭配纳昂达自有 Panel

  • Exome Plus Panel v2.0(全外)已经包含 HiSNP Panel;
  • NanOnco Plus Panel v2.0 (泛癌)叠加 HiSNP Panel, 可用于计算 LOH。

其他 Customized Panel

咨询技术支持