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推荐如下:

•  对于 Size 分布均一、所需测序数据量相同的文库,一般在文库混杂投入比>50 % 的前提下,推荐 500 ng/文库的投入量,以期提高文库丰富度,降低测序数据的重复率;

•  对于 Size 分布不均一、样本质量差异较大、所需测序数据量不同的文库,一般在文库混杂比>50 % 的前提下,推荐按照摩尔量进行相应比例的混合。

注:1. 混杂投入比=样本进入杂交反应的文库量/样本实际文库构建产出总量*100 %

      2. moles of dsDNA (mol) = mass of dsDNA (g) / ((length of dsDNA (bp) x 617.96 g/mol) + 36.04 g/mol)


目前混合文库的浓缩推荐采用真空浓缩法或磁珠浓缩法,具体操作可参考DNA文库杂交捕获操作指南。相关测试结果表明不同浓缩法的结果基本一致,仅存在轻微GC差异偏好。但真空法更经济、操作简单,而磁珠法则可适配自动化工作站,可根据具体情况进行选择:

浓缩方式

优点

缺点

真空浓缩

操作简便、时间可控、损失低

需要真空浓缩仪

磁珠浓缩

无需另购仪器、可适配自动化工作站

存在DNA损失且需求试剂量增加、存在GC偏好性


捕获终文库得量与许多因素存在相关性,除去实验操作影响外,一般会有以下理论影响因素:样本类型、起始混杂文库总量、Panel 大小、杂交时长、扩增循环数等。为获得良好的实验数据,在满足上机测序所需用量的前提下,应尽量控制捕获后扩增循环数。Illumina®平台在上机测序前会对文库进行指数式扩增的成簇反应,故所需的上机文库总量较低(具体需要根据各测序仪型号以及测序公司要求决定)。对于不同 Panel,可在实验初期参考以下推荐列表,后期再根据具体结果进行调整:

Panel大小

1-plex

(500 ng)

4-plex

(2,000 ng)

8-plex

(4,000 ng)

12-plex

(6,000 ng)

>10 Mb

10 cycles

8 cycles

7 cycles

6 cycles

1 Mb-10 Mb

12 cycles

10 cycles

9 cycles

8 cycles

50 Kb- 1Mb

13 cycles

11 cycles

10 cycles

10 cycles

1 Kb-50 Kb

14 cycles

12 cycles

11 cycles

11 cycles


针对纳昂达商品化 Panel,可参考下表进行选择:

Panel名称

大小

混杂

Post-Capture 扩增循环数

捕获文库产出(ng)

Exome Plus Panel 2.0

~46 Mb

1-plex(500 ng)

8

~70

12-plex(6,000 ng)

6

~200

NanOnco Plus Panel v2.0

~2.6 Mb

1-plex(500 ng)

10

~120

12-plex(6,000 ng)

7

~80

NanoHema Research Panel v1.0

~1 Mb

1-plex(500 ng)

11

~70

12-plex(6,000 ng)

7

~80

NanOnCT Panel v1.0

~0.4 Mb

1-plex(500 ng)

12

~80

12-plex(6,000 ng)

8

~80

LungCancer Panel v1.0

~0.23 Mb

1-plex(500 ng)

14

~100

12-plex(6,000 ng)

11

~70


捕获终文库得量与许多因素存在相关性,除去实验操作影响外,一般会有以下理论影响因素:样本类型、起始混杂文库总量、Panel大小、杂交时长、扩增循环数等。为获得良好的实验数据,在满足上机测序所需用量的前提下,应尽量控制捕获后扩增循环数。MGI测序平台需要在上机前对文库进行环化,接着再进行滚环式扩增成DNA纳米球(DNA Nanoball)的过程。故所需的上机文库总量高于Illumina® 平台(具体需要根据各测序仪型号以及测序公司要求决定)。根据NadPrep®通用环化试剂盒(for MGI(货号:1002231)使用说明书V1.0版本描述,环化所需文库推荐投入量至少>1 pmol,因此我们推荐:

• 对于大型Panel的多样本混杂文库,由于可能所测数据量较多,建议至少需要满足1 pmol的总量(>300 ng);

• 对于大型Panel的少量样本混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng);

对于小型Panel的混杂文库,由于后续会与其他文库混合上机测序,所需文库总量可适当降低。但建议混合送测文库总量>1 pmol(>300 ng)。

基于上述总量,针对特定类型的Panel,可根据测试结果调整捕获后扩增循环数。针对纳昂达商品化Panel,可参考下表:

Panel名称

大小

混杂

Post-Capture扩增循环数

捕获文库产出(ng)

Exome Plus Panel 2.0

~46 Mb

1-plex(500 ng)

8

~70

 

 

12-plex(6,000 ng

6

~200

NanOnco Plus Panel v2.0

~2.6 Mb

1-plex(500 ng)

10

~120

 

 

12-plex(6,000 ng

7

~80

NanoHema Research Panel v1.0

~1 Mb

1-plex(500 ng)

11

~70

 

 

12-plex(6,000 ng

7

~80

NanOnCT Panel v1.0

~0.4 Mb

1-plex(500 ng)

12

~80

 

 

12-plex(6,000 ng

8

~80

LungCancer Panel v1.0

~0.23 Mb

1-plex(500 ng)

14

~100

 

 

12-plex(6,000 ng)

11

~70


说明:以上为纳昂达针对gDNA或标准品在16 h杂交时长下的经验循环数及产出。不同实验室因样本类型、实验条件、实验环境不同可能有所差异。

针对NadPrep®系列产品,在文库构建及靶向捕获时的扩增引物如下:

接头类型

Pre-Capture 扩增引物

Post-Capture 扩增引物

测序平台

NadPrep®UDI Adapter

NadPrep®Amplification Primer Mix

NadPrep®Amplification Primer Mix

Illumina®平台

NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (SI)

NadPrep®M-Index Primer Mix (SI)

M-Amplification Primer Mix (SI)

MGI平台

NadPrep®M-Adapter / BMI Adapter (DI)

NadPrep®M-Index Primer Mix (MDI)

M-Amplification Primer Mix (DI)

MGI平台

NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI)
NadPrep® Universal UDI-Index Primer Mix
Amplification Primer Mix Ⅱ
Illumina®/MGI 平台

NadPrep®通用型文库构建试剂盒(96 rxn)已包含 Pre/Post-Capture 的相关引物。其中 Post-PCR 引物均为 Illumina 或 MGI 平台通用引物,也可使用其它同类型产品替代。


含单端 10 nt Index 接头类型的文库应使用 NadPrep® NanoBlockers (for MGI, SI);含双端 10 nt Index 接头类型文库应使用 NadPrep® NanoBlockers (for MGI, DI)。两种类型的文库应分别进行杂交捕获。

不可以。若投入 500 ng/文库,一般进行 12 杂,共计 6 µg 的文库总量的杂交捕获时,均可得到有效封闭。


为了解除带有生物素标记的文库与链霉亲和素磁珠的结合,可尝试使用以下二者操作之一(或参考 M270 磁珠官方建议):

•  溶于 10 mM EDTA95% 甲酰胺、pH 8.2 的溶液中,混匀并于 65℃下加热 5 min或 90℃下加热 2 min

•  溶于 0.1 % SDS,混匀并加热煮沸 5 min

尽管杂交捕获体系已经过优化,适用于更短时间的杂交。但与 16 h 杂交相比,不同类型的 Panel 随着杂交时长的缩短,在捕获文库总量、捕获效率、覆盖均一性等方面皆存在不同程度的降低,详见下图。相比中大型 Panel(>0.4 Mb),小型 Panel(<0.4 Mb)受到的影响更大。对于有时效性要求的,可对大型 Panel 尝试缩短杂交时间,但不建议将此种情况用于小型 Panel

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